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Geradezu klassische Schöpfungen des Aristoteles waren allem Anschein nach die vergleichende Anatomie und Physiologie der Tiere und die vergleichende Betrachtung der Staatsformen, der Dichter und Literaturgattungen. Geblieben ist von alldem nur das klappernde Knochengerüst und sehr oft nicht einmal dieses. Man hat Aristoteles vielfach Unwissenschaftlichkeit vorgeworfen, indem man ihn ungerechtermaßen für die Schnitzer und Mißverständnisse seiner Schüler verantwortlich machte oder ebenso unbilligerweise von ihm eine Vertrautheit mit Dingen erwartete, die dem ganzen Altertum unbekannt waren. Wenn er zum Beispiel Wärme und Kälte noch ganz mythologisch als gegensätzliche Prinzipien faßte, so ist das eine Anschauung, die bis tief in die Neuzeit hinein herrschte. Ferner glaubte er an die spontane Entstehung des Lebens, die so genannte Urzeugung, indem er behauptete, die Blumenfliegen kämen aus dem Blütentau, die holzbohrenden Insekten aus dem Holz, die Eingeweidewürmer aus dem Darminhalt. Aber noch im siebzehnten Jahrhundert erklärten die angesehensten Naturforscher, es könnten Frösche aus dem Schlamm, Aale aus dem Flußwasser und junge Mäuse aus dem Mehl sich entwickeln, und auch weiterhin, bis zum Auftreten Pasteurs um 1860, vertrat die gesamte Wissenschaft, wenn auch nicht in so krasser Form, die Theorie von der Urzeugung. Andere falsche Dinge, die Aristoteles gelehrt hat, sind entweder nur im Ausdruck falsch oder enthalten versteckt ingeniöse Wahrheiten. So sagt er zum Beispiel, nur die Tiere besäßen Tastsinn, was durch die Rankenkrümmung, das »Ausweichen« der Wurzel, die 943 fleischfressenden Pflanzen und viele andere Tatsachen widerlegt ist; dennoch birgt es die tiefe Erkenntnis, daß der Tastsinn in der Tat der animalische Ursinn ist, aus dem die höheren Sinne hervorgegangen sind. Wenn er erklärt, die Wurzel sei das »Oben« der Pflanze, so klingt das zunächst wie eine leere scholastische Allegorie; aber auch die moderne Botanik bezeichnet die Wurzelspitze als das Hirn der Pflanze, und zumindest an den Kopf und den Mund hat Aristoteles bei diesem Aperçu offenbar schon gedacht. Seine Definition der Pflanzentiere deckt sich sprachlich nicht ganz mit der heutigen; daß er aber überhaupt das Vorhandensein dieser Spezies erkannte, zeugt von feinster Beobachtung. Und wenn er behauptete, daß alle Haifische lebendige Junge gebären, so ist das wiederum nur eine stilistische Entgleisung, die Entdeckung selbst aber erstaunlich; denn der Menschenhai tut es wirklich.
Es ist bei alldem daher nicht zu verwundern, daß über Aristoteles von der Nachwelt die widersprechendsten Urteile gefällt wurden. Im Hochmittelalter galt er als »praecursor Christi in rebus naturalibus« und ein Widerspruch gegen seine Lehren für ebenso ketzerisch wie eine Abweichung von den kirchlichen Dogmen. Die erwachende Philosophie der Neuzeit wendete sich jedoch von ihm ab. Bacon setzte gegen das aristotelische Organon das seinige, gegen die aristotelische Logik die Erfahrung, gegen die aristotelische Erfahrung die methodische und resümierte seine Ansicht in den Worten: »Das größte Beispiel der sophistischen Philosophie ist Aristoteles; er hat die Naturwissenschaft durch Dialektik verdorben.« Ebenso erklärte Giordano Bruno, Aristoteles sei an Leerheiten und Eitelkeiten der Einbildung fruchtbar gewesen, aber nicht an natürlichen Gedanken. Auch die Humanisten waren dem Platonismus viel mehr zugeneigt als Aristoteles, und Luther nannte ihn sogar einen Esel. Kant hingegen konstatierte, die Logik habe seit Aristoteles keinen Schritt vorwärts und keinen zurück tun können, 944 und Hegel erklärte: »Er ist eines der reichsten und tiefsten wissenschaftlichen Genies gewesen, die erschienen sind, ein Mann, dem keine Zeit ein gleiches an die Seite zu stellen hat«, während Schopenhauer über die aristotelische Metaphysik bemerkte, sie sei größtenteils ein Hin- und Herreden über die Philosophien seiner Vorgänger: »Daher denkt sein Leser so oft: jetzt wird's kommen; aber es kommt nichts.« Das System des heiligen Thomas von Aquin, die noch heute gültige Philosophie des Katholizismus, ist im wesentlichen Aristotelismus.