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Die wissenschaftlichen Untersuchungen und Forschungen führten ihn und seine Kollegen häufig ins Innere der Insel. Die spezifische Form der Encephalitis, die in weitauseinanderliegenden Gebieten zahlreiche Opfer forderte, war kurz nach dem großen Kommunistenaufstand ausgebrochen, dauerte sonach schon über fünf Jahre. Eine verbreitete Laienannahme wollte die Ursache in dem Biß einer bestimmten Giftschlange sehen. Eine andere Hypothese bezeichnete ein von Chinesen eingeschlepptes und in den Handel gebrachtes Rauschgift als solche, während manche europäische Ärzte von komatöser Malaria sprachen. Einige Gehirnsektionen, die Kerkhoven vornahm, überzeugten ihn von der organisch-lokalen Pathogenese. Da der Verdacht einer infektiösen Einwirkung von Boden und Wasser in ihm entstand und durch eine Reihe von Beobachtungen zu annähernder Gewißheit wurde, schlug er der Regierung in einer Denkschrift die zeitweilige Verpflanzung der Bewohner aus den verseuchten Distrikten in verschonte vor. Die Maßregel wäre zu kostspielig gewesen und stieß deshalb auf Widerstand, zumal sie von der Kommission nicht einstimmig empfohlen wurde. Es gelangen ihm mehrere Heilungen, deren allgemein therapeutischen Wert er jedoch selbst skeptisch beurteilte. Sie verschafften ihm aber großen Ruf, sodaß eines Tages ein malaischer Arzt aus Buitenzorg bei ihm erschien und sich mit rührender Demut als Schüler antrug. Er wehrte lächelnd ab: es sei nicht so weit her mit seiner Kunst wie es den Anschein habe.